Representantskapet velger UHRs leder og nestleder blant medlemsinstitusjonenes rektorer i separate valg på det ordinære representantskapsmøtet med to års mellomrom. Hvis leder kommer fra universitetsgruppen, skal nestleder komme fra høgskolegruppen og omvendt. UHRs generalsekretær har den daglige ledelsen av rådets sekretariat innenfor de rammer som styret fastsetter.